Su familia  poseía una frutería situada en el barrio de Woluwe-Saint-Pierre, en Bruselas. Fue el mayor de tres hermanos."Tuve una infancia bonita, unos padres cariñosos y muy sensibles. No éramos ricos. Mi padre era un hombre de gran carácter y mi madre cálida y amable. Ambos fueron modelos maravillosos para mí. Como ocurre  con todos los hijos, yo soy una mezcla de ambos. Mi determinación y voluntad de trabajar duro vino de mi padre. Trabajó incansablemente para levantar su negocio. Él era estricto con la disciplina. Siempre  he recordado  sus palabras durante toda mi vida. De mi madre tengo mi lado más suave. Un ejemplo de ello, es el hecho de que a menudo me resulta difícil decir no a la gente."

 

Tuvo su primera bicicleta de carretera, de segunda mano, a la edad de ocho años. En aquella época, su héroe era el ciclista belga Stan Ockers. "El era mi héroe. Ockers había ganado varias etapas en el Tour, ganó el maillot verde dos veces y acabó segundo en la clasificación general. El estaba siempre en las noticias del Tour de Francia, y el Tour lo era todo para mí. 

 

En su juventud, Merckx fue un mal estudiante, aunque destacaba en el deporte."Odiaba la escuela, me encantaba practicar todos los deportes, pero odiaba estar dentro de ella. La abandoné tan pronto como pude. Esto me causó problemas en casa, especialmente con mi padre. Pero también era típico en él apoyar mi decisión, especialmente cuando veía que a mí me gustaba aquello que escogía, y que lo hacía bien."

 

A los 16 años recibió su primera licencia de ciclismo y cuatro meses más tarde conseguía su primera victoria en una carrera. Un año despúes había ganado 23 de las 55 que había disputado, esto lo motivó a dejar los estudios para dedicarse por completo a la bicicleta. En 1963 se transforma en corredor aficionado y al siguiente año se corona campeón del Mundo de aficionados, participa en los Juegos Olímpicos de Tokio, donde acaba en una discreta 12 posición. 

 

El 1 de mayo de 1965 da el salto al profesionalismo, con veinte años,se marca como objetivo el Campeonato de Bélgica, prueba en la que termina segundo y  llora de rabia, pues no ganar le parece un fracaso. Ficha por el equipo Peugeot y vence la Milan-San Remo, su primera gran clásica. Tras ganar numerosas carreras, en 1967 hace su debut en su primera gran ronda por etapas: el Giro de Italia. Semanas atrás, el belga se había vuelto a adjudicar por segunda vez la Milan-San Remo. Llegó a la carrera rosa para aprender, y aún así, se llevó dos etapas. Posteriormente, en septiembre de ese mismo año en Heerlen, Merckx se convertiría en campeón del mundo consiguiendo así el maillot arcoiris.

 

La temporada siguiente sería la de su consagración total. En el Giro de 1968, el belga dio uno de los más grandes recitales que jamás se han visto sobre las carreteras italianas. Tentado para participar en el Tour, declina las invitaciones pensando que debía ser 1969 el año de su debut en la 'Grande Boucle'. Empieza la temporada arrasando: París-Niza, Milán-San Remo, Tour de Flandes y Lieja-Bastogne-Lieja. El equipo para el que rodaba, el Faema, ya le había comunicado que estaba entre sus planes debutar en el Tour de Francia, pero que antes debía participar en el Giro, cosa lógica ya que Faema era una casa italiana. En ese Giro, Merckx vivió uno de los momentos más duros de su carrera al ser excluído por un positivo cuando iba líder . Los hechos nunca quedaron muy claros, a pesar de lo cual Merckx fue sancionado por un mes, hecho que le impedía estar en la salida del Tour. Eddy clamaba por su inocencia pensando que había sido víctima de una injusticia y hasta el Gobierno de Bélgica intervino a su favor. La UCI le levantó la sanción y pudo estar en la salida del Tour de 1969.

 

Merckx, ansioso de dejar su nombre en limpio, dominó este Tour de principio a fin, ganando en 6 etapas, consiguiendo ganando la montaña y la regularidad, además de la general con ventaja sobre el segundo, Roger Pingeon, de 17’54”, la mayor diferencia desde el Tour de 1952 ganado por Fausto Coppi, y que aún no ha sido superada.Venció el Tour de Francia en cinco ocasiones (1969, 1970, 1971, 1972 y 1974), igualando el récord de Anquetil. En 1970 fue nombrado mejor deportista mundial.

 

El 25 de octubre de 1972 superó el récord mundial de la hora con una marca de 49,431 km en el velódromo de Ciudad de México. Ostentó dicho récord hasta 1984, cuando fue batido por Francesco Moser. Acumuló un abultado y envidiable palmarés, el más alto de la historia del Ciclismo, contando en su haber con un total de 525 victorias. Debido precisamente a su insaciable sed de triunfar en todas las carreras en las que participaba, nació el apodo de 'El Caníbal'.